Kematian adalah salah satu dari banyak misteri yang telah membuat umat manusia berada dalam kegelapan sejak zaman dahulu. Namun, pertanyaan besar tentang apa yang terjadi pada jiwa setelah seseorang meninggal akhirnya terjawab bagi Yuzuru Otonashi yang berusia 17 tahun. Terbangun tanpa ingatan sebelumnya di suatu dimensi antara kehidupan dan kematian, ia menemukan kenyataan yang mengganggu tentang kehidupan setelah mati.
Bentuknya menyerupai sebuah sekolah, dimensi aneh ini didedikasikan untuk menampung mereka yang meninggal dengan cara yang tidak diinginkan. Merasa dirugikan oleh Tuhan selama kehidupan mereka di dunia, para penghuni sekolah ini memutuskan untuk membentuk Afterlife Battlefront—sebuah faksi pemberontak yang berniat menentang presiden dewan siswa mereka yang mirip Tuhan, Kanade “Angel” Tachibana. Pemimpin grup ini, Yuri Nakamura, merekrut Otonashi untuk bergabung dalam perjuangan melawan Angel agar mereka dapat mengendalikan hidup mereka sendiri. Namun, dengan meragukan moralitas di balik tindakan mereka, Otonashi mengambil langkah mundur di garis musuh untuk memahami sisi lain dari takdir mereka yang sama.