Kali ini, lokasi cerita berlangsung di laut dekat pulau Hachijo-jima, Tokyo. Para insinyur dari seluruh dunia berkumpul untuk operasi skala penuh “Pacific Buoy”, sebuah fasilitas lepas pantai yang menghubungkan kamera keamanan milik kepolisian internasional. Di sana sedang dilakukan uji coba “teknologi baru” yang berbasis pada sistem pengenalan wajah.
Sementara itu, Conan dan Detektif Boys mengunjungi Hachijo-jima atas undangan Sonoko dan menerima telepon dari Subaru Okiya yang memberitahukan bahwa seorang karyawan Europol dibunuh di Jerman oleh Jin dari Organisasi Hitam.
Conan, yang merasa cemas, diam-diam masuk ke fasilitas tersebut dan menemukan bahwa seorang insinyur wanita telah diculik oleh Organisasi Hitam…! Selain itu, sebuah drive USB yang berisi informasi penting yang dia miliki jatuh ke tangan organisasi tersebut… Sebuah bayangan gelap juga mengancam Ai Haibara…
