Mitsuha Miyamizu, seorang gadis SMA, sangat ingin menjalani kehidupan seorang anak laki-laki di kota Tokyo yang sibuk—sebuah impian yang sangat berbeda dengan kehidupan sehari-harinya di pedesaan. Sementara itu, di kota, Taki Tachibana menjalani kehidupan yang sibuk sebagai siswa SMA, sambil mengerjakan pekerjaan paruh waktu dan berharap bisa memiliki masa depan di bidang arsitektur.
Suatu hari, Mitsuha terbangun di sebuah kamar yang bukan miliknya dan tiba-tiba mendapati dirinya menjalani kehidupan impiannya di Tokyo—tetapi dalam tubuh Taki! Di tempat lain, Taki mendapati dirinya menjalani kehidupan Mitsuha di pedesaan yang sederhana. Untuk mencari jawaban atas fenomena aneh ini, mereka mulai mencari satu sama lain.
Kimi no Na wa. berkisah tentang tindakan Mitsuha dan Taki, yang mulai memberikan dampak dramatis pada kehidupan satu sama lain, menyatukan mereka dalam sebuah takdir dan keadaan yang saling terkait.
