Ainz Ooal Gown, sang penyihir undead yang sebelumnya dikenal sebagai Momonga, telah menerima takdirnya di dunia baru ini. Meskipun dunia ini memiliki kesamaan dengan permainan virtual reality Yggdrasil yang sangat dicintainya, masih banyak misteri yang harus diungkap, dan Ainz berniat untuk mengungkapnya dengan memanfaatkan kekuatannya sebagai penguasa Great Tomb of Nazarick. Namun, sejak kejadian tragis pencucian otak terhadap salah satu bawahannya, Ainz menjadi lebih waspada terhadap bahaya yang mengintai dari Slane Theocracy, serta kemungkinan adanya pemain Yggdrasil lainnya yang masih hidup. Sementara itu, Albedo, Demiurge, dan para penjaga setia Ainz bersiap untuk langkah berikutnya dalam kampanye mereka: perang pertama Nazarick…
Overlord II melanjutkan cerita langsung setelah prekuelnya, mengikuti kisah Ainz Ooal Gown, pasukan eklektik yang dipenuhi penjaga yang membenci manusia, dan banyak manusia malang yang terdampak kedatangan Overlord.
